Këshilli drejtues është organ i menaxhimit të Ndërmarrjes, të njëjtin e emëron, përkatësisht shkarkon Këshilli i Qytetit të Shkupit. Numrin dhe përbërjen e anëtarëve të Këshillit drejtues e përcakton Këshilli i Qytetit të Shkupit me Aktvendimin për emërim.
Këshilli drejtues ka kryetarin e tij i cili zgjidhet nga radhët e anëtarëve, ai i thërret seancat, kujdeset për zbatimin e akteve të Këshillit drejtues si dhe kryen edhe punë të tjera të përcaktuara me Rregulloren për punën e Këshillit drejtues.
